Shadow Empires wprowadza zupełnie nową mechanikę gry - frakcję.
Na początku gry,graczewybierają swoją nację oraz frakcję, którą będą grali do końca gry.

W grze jest 5 frakcji. Każda z frakcji rozpoczyna grę w innym obszarze mapy:

Imperium – w środku	Dynastia – na południowym-wschodzie
Buntownicy – na północnym-zachodzie	Horda – na wschodzie
Łupieżcy – na północy

Na początku nowi gracze z określonej frakcji będą startować w tym samym regionie. Po zapełnieniu regionu, nowi gracze zaczną pojawiać się w innym regionie w pobliżu i tak dalej. Nie zależy to już od ćwiartek mapy ani odległości od centrum mapy. 

Regiony

Frakcje nie tylko określają pozycję startową graczy, ale także wprowadzają nowy poziom współpracy pomiędzy graczami.

Regiony są teraz podbijane przez frakcje, a nie przez indywidualne sojusze. Zarówno frakcje, jak i sojusze, które pomogły podbić dany region, zdobywają punkty zwycięstwa. Jednak tylko jeden sojusz może uzyskać dostęp do starożytnej mocy regionu. Zobacz artykuł na temat regionów i starożytnych mocy by dowiedzieć się więcej.

Gracze i sojusze we frakcjach

Gracze wybierają swoją frakcję na początku gry i nie mogą zmienić tego wyboru.

Sojusz należy do frakcji gracza, który go utworzył. Nie można jej zmienić w trakcie gry.

Jednak gracze mogą dołączyć do dowolnego sojuszu. Więc nawet jeśli zacząłeś grę dla Rebeliantów, możesz dołączyć do sojuszu należącego do Hordy lub dowolnej innej frakcji.